Let's Encrypt waarschuwt dat Android-versies ouder dan 7.1.1 vanaf september 2021 mogelijk veel sites met LE-certificaten niet meer kunnen bezoeken en dan certificaatwaarschuwingen krijgen. Momenteel draait nog zo'n derde van de Android-apparaten een versie ouder dan 7.1.1.

Vanaf 1 september 2021 verloopt het DST Root X3-certificaat van IdenTrust dat Let's Encrypt in zijn begintijd gebruikte om ondersteuning te verkrijgen voor Windows, Firefox, macOS, Android, iOS en Linux. Let's Encrypt maakte gebruik van deze cross-signature-mogelijkheid om snel compatibel te worden met softwareplatformen en ondertussen ondersteuning voor zijn eigen ISRG Root X1-certificaat op te bouwen.

Sinds 2016 accepteren de voornaamste softwareplatformen het ISRG Root X1-certificaat, maar Let's Encrypt waarschuwt dat software die sinds die tijd niet is bijgewerkt dat niet doet en op DST Root X3 blijft vertrouwen. Het gaat daarbij met name om Android-versies ouder dan versie 7.1.1. Let's Encrypt zegt dat 66,2 procent van alle Android-apparaten versie 7.1 of later draaien en 33,8 procent dus certificaatwaarschuwingen dreigt te krijgen als ze vanaf 1 september 2021 sites willen openen die met een https-certificaat van Let's Encrypt werken.

Let's Encrypt adviseert gebruikers met zo'n oude Android-versie Firefox Mobile te draaien omdat deze browser zijn eigen lijst van ondersteunde certificaten heeft en niet terugvalt op de ondersteuning van het OS. Daarnaast past de organisatie zijn api aan zodat clients die werken via het ACME-protocol, oftewel Automatic Certificate Management Environment, standaard ISRG Root X1 serveren, met de optie om DST Root X3 als alternatief te behouden voor compatibiliteit.